Seit dem 17. Jahrhundert gab es in Gotha zwei privilegierte Hofapotheken (die heutige Goethe- und die heutige Loewen-Apotheke). Dieser Zweiapothekenzustand blieb über Jahrhunderte erhalten. Auch als in der heranwachsenden Stadt Gotha zu Beginn des 19. Jahrhunderts der Ruf nach der Errichtung einer dritten Apotheke immer lauter wurde, gelang es doch zunächst immer wieder mit dem Einspruch der beiden alten Apotheken, das Aufkommen einer dritten Apotheke unter Berufung auf ihre Privilegien zu verhindern. Auch das herzögliche Medizinalkollegium teilte zu jener Zeit den Standpunkt der bedrohten Hofapotheker, daß kein Bedürfnis nach einer dritten Apotheke vorhanden sei und daß deren Errichtung nur eine Beeinträchtigung der beiden schon bestehenden Apotheken bedeuten würde.

Erst durch das Gesetz vom 31. März 1829 über die Aufhebung der Monopole konnte das Einspruchsrecht der beiden Hofapotheken gegen die Konzessionserteilung an eine weitere Apotheke beseitigt werden. Die Form, in der die neue Apotheke ins Leben gerufen wurde, wich allerdings von der früheren Gepflogenheit erheblich ab. Die Regierung privilegierte nicht etwa eine dritte Hofapotheke, sondern der Herzog erteilte am 1. Februar 1830 dem Stadtrat gegen 50 Reichstaler Konzessionsgeld, 8 Taler jährlichen Kanon und 1 Reichstaler terminlicher Steuer die Konzession zur Errichtung einer Rats- oder Stadt-Apotheke, in erster Linie wohl, um dem notleidenden Stadtsäckel eine neue feste Einnahmequelle zu sichern.

Während der Stadtrat ursprünglich plante, diese neue Ratsapotheke an den Apotheker Ernst Ludwig Hederich in Form der Zeitpacht zu überlassen, ordnete der Herzog die Vergebung in Erbpacht an und zwar in der Form des reinen Erbpachtrechtes. So sollte eine Übertragung nur auf männliche oder weibliche Nachkommen Hederichs erfolgen. Stellte sich eine Abweichung hiervon als notwendig heraus, so sollte diese nur mit ausdrücklicher Genehmigung der Landesregierung und nur gegen eine besondere Abgabe von mindestens 600 Talern gestattet sein. Als Pachtzins wurde die jährliche Summe von 300 Talern für angemessen erachtet.

Das damalige Regierungsgutachten steht im Gegensatz zu der früheren Stellungnahme des Medizinalkollegiums auf dem Standpunkt, daß die Klagen der beiden Hofapotheker über die Konkurrenz der Ratsapotheke unberechtigt seien und daß der bisherige Reingewinn der beiden Apotheken vollkommen ausreiche, um noch einem dritten Apotheker ein genügendes Einkommen zu sichern.

Am 10. Januar 1831 konnte Ernst Ludwig Hederich die neue Apotheke eröffnen. Das Haus dafür hatte er von dem Gold- und Silberarbeiter Georg Christian Wilhelm Kalbe erworben. Später ging die Apotheke auf seinen Sohn Karl August Hederich über. Aber schon nach dessen Tode im Jahre 1869 wurde, obwohl minderjährige leibliche Erben vorhanden waren, wohl mit Rücksicht auf die schlechte wirtschaftliche Lage der Hinterbliebenen, ein Verkauf des Erbpachtrechtes notwendig.

Dies war ein Zeichen dafür, daß sich die Stadt-Apotheke doch nicht zur wahren Goldgrube entwickelt hatte, wie man offenbar bei der Errichtung angenommen hatte. Man mußte sogar auf die Entrichtung der Sonderabgabe von 600 Talern verzichten und hat diese Klausel dann überhaupt fallenlassen. In den späteren Verträgen ist für den Verkaufsfall nur vorgesehen, daß die Stadt berechtigt sein soll, die Apotheke zu einem Schätzungspreise zurückzukaufen. Lehnt der Erbpächter diesen Preis ab, so darf die Stadt die Apotheke freihändig oder meistbietend verkaufen und der Erbpächter muß sich dann mit dem Erlös dieses Verkaufs zufrieden geben.

Der neue Besitzer war der Apotheker Kanoldt, der aber schon 1881 die Apotheke aufgab, um sich größeren kaufmännischen und chemischen Unternehmungen zu widmen. Die Stadt-Apotheke selbst ging in die Hände des Apothekers Buntebarth über, der sie von 1881-1889 inne hatte. 1889 wurde die Apotheke von dem Apotheker Georg du Roi für mehr als 40 Jahre übernommen.

Ab 1936 führte sein Sohn Wilhelm du Roi die Apotheke weiter. Nachdem die Leistungsfähigkeit der Stadt-Apotheke im Jahre 1944 durch starke Kriegsschäden beeinträchtigt war, hatte sie sich bis 1949 weitestgehend regeneriert und wurde zur Poliklinik-Apotheke ernannt. Die Versorgung der Poliklinik mit Arzneimitteln wurde nun durch die Stadt-Apotheke sichergestellt. Die Umwandlung der Stadt-Apotheke in eine Poliklinik-Apotheke war die erste Stufe des Übergangs zur Verstaatlichung unter der Leitung von Apotheker Wilhelm du Roi. Im Jahre 1969 ging die Leitung der Apotheke auf Apotheker Bruno Bayer über.

Die ständig steigenden Versorgungsaufgaben der Apotheke machte die Erweiterung der räumlichen Kapazitäten zu einem dringenden Problem. Im Mai 1970 wurden die Räume des benachbarten ehemaligen HO-Industriewaren-Geschäftes von der Apotheke übernommen und stufenweise als Lager für Arzneimittel ausgebaut. 1971/72 erfuhr die Apotheke durch Einbau einer neuen Offizin mit separater Rezeptur eine wesentliche Erweiterung. Ab 1. November 1974 wurde die Leitung auf den Apotheker Jürgen Thie übertragen.

Im Januar 1974 erfolgte die Gründung des Versorgungsbetriebes des Gesundheitswesens, wodurch die Stadt-Apotheke Leitfunktionen als Kreisdepotapotheke erhielt. Von 1.1.1974 - 31.10.1974 wurde die Stadt-Apotheke von Apothekerin Irmtraut Wolf geleitet. Ab 1. November 1974 wurde die Leitung auf den Apotheker Jürgen Thie übertragen.

Seit dem 1. Dezember 1983 ist Apotheker Michael Karow Leiter der Stadt-Apotheke. In den Jahren 1985 bis 1989 erfolgte eine Erweiterung der Funktionsräume, wesentliche Instandsetzungsarbeiten im gesamten Gebäude und der Einbau eines Lastenaufzuges.

Im Zuge der Privatisierung des staatlichen Apothekenwesens durch die Treuhandanstalt erreichte er nach intensiven Verhandlungen, daß zum 1.November 1990 nach 40 Jahren wieder ein privater Eigentümer der Stadt-Apotheke sich um deren Geschicke kümmern konnte. Mitte Dezember 1990 bereits erfolgte der Einstieg in die computergestützte Warenwirtschaft, die vor allem bei der Bestellung und Vorratshaltung von Arzneimitteln viele Vorteile mit sich brachte.
Von Februar 1991 - Ostern 1993 kam es erneut zu einem großen Umbau. Das gesamte Gebäude wurde grundlegend modernisiert und ist uns in diesem Zustand heute noch erhalten.

Die Stadt-Apotheke hat seit der Gründung ihren Sitz in dem Hause Querstraße 4, das mit einem Teil seiner Front noch den freien Ausblick auf den Neumarkt hat. Das Haus wurde früher "Bierhaus zum Karpfen" (vgl. Hausmarke) genannt und dürfte in seiner ältesten Anlage wenigstens auf die Mitte des 17. Jahrhunderts zurückgehen.